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mriCroN(醫學影像分析軟件)

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應用指數：3 分

類型：電腦應用性質：國外軟件版本：v4.0 免費版大?。?4.3 MB更新：2025-03-11語言：英文等級：平臺：WinXP, Win7, Win8, Win10, WinAll官網：暫無

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　　mriCroN提供醫學圖像分析功能，將NIfTI類型的圖像添加到軟件就可以執行分析，可以在軟件查看CT圖像，可以在軟件查看MRI圖像，可以查看DR圖像，只要圖像是NIfTI類型就可以通過這款軟件加載，軟件也提供了一個格式轉換器，可以將其他醫學圖像快速轉換為hdr、nii類型的圖像，轉換完畢就可以加載到這款軟件分析，讓用戶可以在電腦軟件上分析病變癥狀；mriCroN界面功能很多，全部菜單界面都是英文，如果你看懂英文就可以使用這款軟件分析圖像。

軟件功能

　　1、支持格式轉換：SPM2(3D Anlyze hdr/img)、SPM5(3D NIfTI hdr/img)

　　2、支持其他工具：Render、Multislice、4D Traces、Histogram、Information

　　3、Peristimus圖形分析功能，可以在軟件分析核磁共振的數據，可以生成腦部刺激圖

　　4、支持病變數據分析功能，通過分析醫學圖像就可以自動生成對應的數據內容

　　5、MRIcron 提供了繪制大腦區域的簡單工具，支持繪制線、擦除線、繪制粗線、擦除粗線

　　6、支持將DICOM轉換為SPM8 (3D NIfTI nii)、4D NIfTI hdr/img

　　7、將將圖像轉換為FSL (4D NIfTI nii)、Compressed FSL (4D NIfTI nii)

　　8、支持將分析的圖像另存為NIfTI、另存為位圖

軟件特色

　　1、使用VOI屏蔽圖像：刪除帶有VOI的區域、使用VOI保護區域

　　2、疊加比較：交叉口[VOl和疊加]、工會[VOI或覆蓋]、遮罩[VOI但不覆蓋]

　　3、統計數字：創建重疊圖像、減法圖、批次描述、批量探測圖、批量集群問題圖

　　4、轉換：ROI-> VOI、VOI->NII、NII->VOI、VOI -> Text

　　5、輕掃3D：Left、Right、Posterior、Anterior、Inferior、Superior

　　6、高級：階段到Rad/s、大腦提取、裁剪邊緣、腦面罩、創建SPM5掩碼、LR翻轉

　　7、其他內容：應用群集閾值、導出為RGB圖像、重新切片圖像、調整圖像，使VOI強度為零

使用方法

　　1、啟動mriCroN軟件，可以加載hdr、nii類型的圖像到軟件分析

　　2、支持打開最近的、打開模板、關閉圖片、另存為NIfTI、另存為位圖

　　3、覆蓋功能，支持添加覆蓋、閉合覆蓋層、背景透明度、其他覆蓋層的透明度

　　4、畫

　　打開VOI

　　保存VOI

　　關閉VOI

　　VOI顏色

　　強度過濾器

　　流暢的語音

　　使用VOI屏蔽圖像

　　疊加比較

　　統計數字

　　5、視圖功能

　　顯示

　　3D平滑背景

　　3D平滑覆蓋

　　2D全部平滑

　　翻轉L/R

　　yoke

　　十字花飾

　　MNI坐標

　　地標

　　6、設置界面

　　圖像顯示

　　加載時重新定位圖像

　　512：最大維度[體素]

　　12：渲染線程

　　5：顯示小數位

　　單行中的所有切片

　　利息提取量

　　顯示繪圖菜單和工具

　　細筆

　　點擊填充圖標時過濾所有封閉區域

　　70：厚拉伸的平板壓力，%

　　30：厚擦除的平板電腦壓力，%

　　7、格式轉換功能，可以直接將dicom圖像添加到軟件轉換為nifti格式

官方教程

　　指定設計

　　讓我們用我們將要分析的數據集來熟悉自己。

　　1、啟動 NPM 并打開設計窗口（VLSM/設計...）。將出現一個 speadsheet。選擇 File/Open 并查看文件 continuous.val。每行顯示每個患者的表現，例如患者 1 確定了 2 個項目，而患者 2 檢測到 44 個項目。請注意，使用該軟件較高的分數反映得更好性能。如果您有二項數據（其中 performance fall into 兩個離散分類），您應該表示存在 Deficit 替換為 0，性能正常，替換為 1。請注意，文件名在左列中列出，性能在右列中列出始終對應于同一患者。

　　2、我們需要首先描述病變圖并命名行為績效衡量標準。選擇 View/Design 以顯示描述窗。

　　1.預測因子：顯示行為度量的數量 - 這里我們只檢查字母取消性能。

　　2.預測變量名稱：對于每個預測變量，插入一個易于記憶的名稱，例如，“cancel”用于我們的字母查找任務。

　　3.您可以通過以下方式選擇病變圖的文件名按“Select Images”（選擇圖像）按鈕，從中選擇病變圖所有參與者。您應該同時選擇所有圖像，并且所有圖像都應該放在一個文件夾中（例如，您的病變圖可能是 C：dataset1.voi、C：dataset2.voi 等）。病變圖像可以是 MRIcron VOI、NIfTI .nii、壓縮的 NIfTI .nii.gz或分析（.hdr/.img）格式。如果您確實選擇了圖像，請確保文件名與患者的表現相匹配，如步驟 1 中所述。

　　4.您還可以設置先驗的最小病變密度閾值。為例如，在分析 22 個人時將值設置為 10% 意味著將僅計算損壞超過 2 個的體素的統計數據人。此閾值的較大數字可能會增加您的統計數據 power，因為您只會計算通常受傷。但是，較大的值將無法檢測到罕見的損壞是赤字的可靠預測指標的區域。請注意，此值基于體素中病變的總發生率，而不管行為表現。

　　計算結果

　　接下來，我們計算統計結果。您可以進行一些統計數據，方法是在 Draw/Statistics 菜單中選擇核磁共振。但是，這里我們描述了使用 NPM 在 MRIcron 中尚不可用 - 具體來說，NPM 可以執行排列閾值和 Brunner 和 Munzel 檢驗。自進行這些統計，您需要下載并安裝 npm.exe - 這僅適用于 Windows作系統。

　　1、首先轉到 'Options' 菜單并將排列設置為 None。排列閾值可能很有用，但至少需要 1000 比正常的 False-Discovery Rate 校正閾值長的時間，并且通常不太敏感。因此，為了讓您第一眼看到您的 data 中，請關閉此功能。

　　2、用于分析連續數據：

　　1.轉到“選項”菜單并單擊“測試” - 確保選中“Brunner Munzel”并取消選中 t 檢驗。我們的數據不是正態分布的，因此我們將使用非參數的測試（使用排列的 Brunner Munzel 排名順序統計量）。

　　2.單擊 VLSM/BinaryImagesContinuousGroups 命令。選擇 continuous.val 文件。

　　3、對于分析二項式數據：

　　1.單擊 VLSM/BinaryImagesBinaryGroups 命令。選擇 binomial.val 文件。這將使用 Liebermeister 度量（一個更比卡方檢驗或 Fisher 精確檢驗敏感的二項式檢驗，參見 Seneta 和 Phipps，2001 年;Phipps，2003 年）。

　　4、NPM 現在將計算請求的測試。它將創建所有患者的重疊圖像（例如 sum.nii.gz）和統計數據 map（BM.nii.gz 表示連續數據，L.nii.gz 表示二項式數據）。

　　查看結果

　　我們可以打開生成的統計圖并放置它們在解剖掃描之上。如果您的病變圖與立體定向 MNI 空間，您可以在其中一個標準模板（File/OpenTemplates/ch2）。這是一個快速指南：

　　1、啟動 MRIcron 并選擇 File/OpenTemplates/ch2bet 作為我們的背景圖像

　　2、選擇 Overlay/Add 并選擇在上一步中創建的統計地圖（例如 C：datasetbinL.nii.gz）。

　　3、當 MRIcron 檢測到統計映射時，它會計算 p 值以確定錯誤發現率（FDR） threshold - 例如，您的數據中存在多少穩健信號。 MRIcron 顯示 Z 分數的直方圖。示例中的注釋下面，大多數數據都有正 Z 分數，表明穩健信號（如果我們的數據只是噪聲，我們應該會看到一個鐘形的均值為 0 的分布，而平均 Z 分數約為 2）。

　　4、接下來，MRIcron 顯示疊加層。請注意篩選軟件報告臨界值：P05/P01 值對應于未校正的 P<0.05 和 P<0.01 值，這些值非常 liberal （這些測試會發出許多誤報，例如，這里我們有進行了 16082 次測試，因此 p05 應該會導致許多假陽性）。 fwe05 和 fwe01 值對應于 Bonferroni 校正的值：此測試非常保守，您經常無法檢測真實效果。FDR05 和 FDR01 結果反映了 False 發現率 - 例如 FDR05 應顯示大約 20 次實際激活每一個誤報。請注意，當信號非常少或沒有信號時，羅斯福和邦費羅尼一樣保守，但它能適應實際情況 signal 的 intent 中。請注意，您可以選擇圖像閾值和 cutoff 進行疊加。請注意，默認情況下，我的軟件加載了閾值從 FDR05 到 FDR01 的統計圖，除非信號不足，在這種情況下，它使用未校正的 0.05...0.01 值。另請注意，當前的疊加層是設置為以單色紅色配色方案顯示。